历史溯源（1956-1977）

1956年9月，办学历程开启，河北省通县农业学校在石家庄农机学校旧址（西焦农场，现西焦村一带）创建，首批招收400名初中毕业生，均为作物专业，学制三年。

1956年11月，校址从石家庄西焦农场正式迁至河北省通县管庄乡。

1957年3月，北京市农业合作干部学校成立，校址在北京南苑东高地，设蔬菜、林业果树等专业。当年蔬菜专业招收79人，林业果树专业招收39人，学习期限均为7个月，学生均为当时农业社各专业管理干部或具有培养前途和生产经验的社员。

1958年4月8日，上述两校合并，成立北京市农业学校，学校为全日制中等专业学校。设农作物栽培、果树蔬菜等专业，学制四年。定向培养面向京郊的农业技术人才。

1961年3月，北京市农业学校由朝阳区管庄迁至现校址朱辛庄。

1959—1964年，作物、果树、蔬菜专业累计培养毕业生1101人。

1965年3月，在北京市农业学校基础上，建立北京农业劳动大学，办学层次升格为高等教育院校。设立农学系、果树林业系，下设农学、蔬菜、果树、林业专业，学制四年。

1966年6月—1977年11月，办学停滞。

恢复办学（1978-1984）

1978年12月28日，恢复北京农业劳动大学，更名北京农学院，设农学、遗传育种、植物保护、作物栽培、土壤肥料、果树蔬菜等专业。

1979年8月，农学、果树专业招收北京农学院首届本科生。设立农学系（代号1系），园艺系（代号2系）。首届专业代号：农学专业7911，果树专业7921。1979年12月19日，北京农学院首届学生开学。

农学系：学校建系时间最久的系。设系办公室、植物教研室、植物生理教研室、微生物教研室、育种教研室、遗传教研室、植物生化教研室、植保昆虫病理教研室、气象教研室、测务水利教研室、作物栽培教研室、土壤农化教研室、农机教研室及实验站。

园艺系：设系办公室、果树栽培教研室、蔬菜栽培教研室、贮藏加工教研室、病理教研室、昆虫教研室、园林绿化教研室及果树、蔬菜实验站。

1980年8月，园艺系创建花卉教学基地。

1981年11月，设立农学试验站、园艺试验站。

1982年9月，蔬菜专业首批招收本科生30人。

1983年12月21日，园艺系建立党总支委员会。

1984年10月11日，农学系建立党总支委员会。

稳步发展（1984-2001）

1984年3月，学校与北京市农林科学院联合首次招收果树专业硕士学位研究生2人，由北京农学院培养。

1982—1985年，开设农学、蔬菜大专班（委托代培）。

1986年9月，学校与北京市农林科学院联合招收蔬菜专业硕士学位研究生2人，由北京农学院培养。

1988年8月29日，抗旱高产小麦新品系F122在河北省廊坊地区召开认定会被命名为“北农1号”。该品种成为学校首个以“北农”命名的科研成果。

1992年6月，成立作物遗传育种研究所、果树研究所。

1994年6月，园艺系增设观赏园艺相关方向。

1996年6月，整合果树、蔬菜专业，设立园艺专业。

1998年6月，植物保护专业恢复招生，招生人数为‌30人，隶属园艺系。

2001年6月，北京市农业应用新技术重点实验室获批（挂靠科研处），是学校第一个北京市级重点实验室。2010年并入植物科学技术学院。

整合提升（2002-2007）

2002年7月，农学系（部分）与园艺系整合成立植物科学技术系。设农学、园艺、植物保护三个本科专业，实现植物生产类专业集中办学。

2003年4月，植物科学技术系荣获北京市总工会授予的“首都劳动奖状”，这是学校系级单位首次获首都劳动奖状。

2003年9月，学校被国务院学位办批准为硕士授予单位，果树学硕士点获批，于2004年9月招生。标志着学院办学层次迈上新台阶。

2006年2月，获批作物遗传育种、蔬菜学硕士学位授予权。

2006年6月，新增农业资源与环境专业并招收本科生30人，园艺专业成为北京市特色专业建设点。

特色发展（2008年至今）

2008年12月，植物科学技术系更名为植物科学技术学院。同年，园艺专业获批国家级特色专业建设点（都市型园艺特色）。果树学获批二级学科北京市重点建设学科。

2008年，农业推广硕士（园艺领域）专业学位授权点获批并首次招生115人。后陆续获批作物、园艺、植保、农业资源利用等领域农业推广领域专业硕士点。

2009年6月，农学（作物遗传育种）专业获批北京市特色专业建设点。

2011年3月，获批作物、园艺一级学科硕士学位授权点。

2012年6月，成功申报“种子科学与工程”本科专业。

2013年6月，国家级植物生产类实验教学示范中心建设单位正式获批。同年，园艺专业获批教育部专业综合改革专业。

2014年6月，园艺专业获批本科一批招生，成为学校优势特色专业的重要标志。

2019年12月，园艺专业获批国家一流专业建设点；园艺学科获批北京高校高精尖建设学科立项。同年，植物保护专业、农业资源与环境专业及相关学科专业整建制划出植物科学技术学院，划入生物与资源环境学院。

2022年6月，农学专业获批北京市一流本科专业建设点。

2023年5月11日，学校党委常委会决定，撤销植物科学技术学院总支部委员会，成立植物科学技术学院委员会。

2024年6月，新增生物育种技术新农科引导性专业，并招收首批30名学生。

2026年，全力申报园艺学科博士学位授权点。